云南中医药大学第二附属医院是一所以血栓病防治、针灸推拿、康复治疗为特色的集临床、教学、科研、预防保健、突发公共卫生事件应急处理和医疗急救为一体的三级中西医结合医院，简称“云中二院”。

1970年9月，建于昆明市黑林铺，名称为云南省交通局医院。

1985年11月，更名为云南省交通中心医院。

1990年3月，省卫生厅批准成立“云南省血栓病医院”。

1995年7月，省卫生厅授予省交通中心医院为三级乙等综合医院。

2001年11月，医院主体搬迁到东郊路161号。

2015年10月，省卫计委复评审再次确定为三级乙等综合医院。

2018年4月，省委机构编制办公室发文“将省交通运输厅下属事业单位设置为省卫生计生委下属事业单位，机构名称变更为云南中医学院第二附属医院，保留云南省血栓病医院牌子”。

2019年7月，变更为云南中医药大学第二附属医院。

2020年7月，与学校针灸推拿康复学院“院院合一”，形成云南中医药大学第二附属医院、云南省血栓病医院、云南中医药大学第二临床医学院和针灸推拿康复学院“四块牌子一套班子”的管理运行模式。

2025年，有编制床位405张，设18个职能科室，24个临床医技医辅科室，14个教研室和1个针灸推拿康复研究所，对4家中医医院进行对口帮扶。

医院是国家级“高血压达标中心”、国家级“防治卒中中心”、国家级“一级癫痫中心”、国家卫健委脑防委心源性卒中防治基地、国家神经疾病医学中心云南省专科联盟成员单位。是云南省120急救中心东部急救站，云南省昆明市溶栓救治任务地图中的八家医院之一。