云南中医药大学第二附属医院，前身为云南省交通中心医院，是一所以血栓病防治、针灸推拿、康复治疗为特色的集临床、教学、科研、预防保健、突发公共卫生事件应急处理和医疗急救为一体的大学直属附属医院。

医院始建于1970年9月， 1990年3月省卫生厅授予“云南省血栓病医院”牌子，1995年评审为三级乙等综合医院，2015 年省卫计委复评审为三级乙等综合医院，2018年6月移交至云南省卫生健康委和云南中医药大学，更名为“云南中医药大学第二附属医院”，由综合医院变更为中西医结合医院，是全省唯一的省级中西医结合三级医院。2020年7月与学校针灸推拿康复学院“院院合一”，形成云南中医药大学第二附属医院、云南省血栓病医院、云南中医药大学第二临床医学院和针灸推拿康复学院“四块牌子一套班子”的管理运行模式。